比利时的独立和经济的高速增长并没有缓和国内政治矛盾和斗争。独立之初，外有荷兰的威胁，内有影响较大的奥伦治党人的恐吓，资产阶级还能在一定程度上保持联合。但是不久，资产阶级内部因宗教地位问题展开了斗争。这场冲突首先在教育领域展开的，以前，比利时的天主教徒为了要和自由主义者订立联盟条约，他们根据一些宗教思想家，特别是布列塔尼神甫拉梅耐的自由主义观念——“民主—天主教”的立场而保持宗教上的中立。但时至今日，比利时的大部分天主教徒要求人们不容置疑地接受他们的宗教，并以此作为整个社会秩序的基础。而自由主义者大都主张政教分离，特别是在教育领域更应如此。早在1834年，天主教徒已经在那座古老的大学城鲁文建立了自己的大学，而自由主义者则在布鲁塞尔建立了“自由大学”。这两所大学后来成为两个集团之间进行持久斗争的主要思想要塞。国民教育领域是两派斗争最激烈的地方，在1958年订立“学校公约”以前，争论从未停止过。

1846年，自由主义者组成一个政党，即比利时自由党。该党得到城市上层资产阶级和瓦隆工业地区的中产阶级的支持。它有明确的纲领，其基本原则是:文职官员须完全独立，不受教会控制。次年，自由党人上台执政，直到1870年，除一个短时期外，该党一直掌握政权。1869年，天主教徒也组织了自己的政党—比利时天主教党，次年上台执政。两党在教育方面的争论仍很激烈，两党轮流执政，政策反反复复，不断变更，在以后的时间里，天主教党的势力比较强大，反教权问题成为比利时旷日持久争论下去的一个主要问题。